Het opkomende nationale bewustzijn in de negentiende eeuw ging gepaard met een groeiende waardering voor wat we nu erfgoed noemen. Er ontstonden allerlei nationale instellingen, vaak met voorvoegsel Rijks of Koninklijk.
Al in de Franse tijd was de voorloper van het Rijksmuseum naar Amsterdam gekomen. In de jaren 1870 stelde de gemeente een terrein beschikbaar voor een nieuw Rijksmuseum, dat in 1885 gereed was. Het museum kreeg de schilderijenverzameling van de stad Amsterdam in bruikleen.
In diverse oude grachtenpanden werden andere collecties ondergebracht, zoals die van C.J. Fodor op de Keizersgracht.
In de jaren 1890 bleek de stad toch ook behoefte te hebben aan een eigen museum. Het Stedelijk Museum werd gebouwd (1895), waarin enkele bestaande collecties werden ondergebracht.
Naast musea voor kunst werden ook musea gebouwd voor uiteenlopende zaken als natuurlijke historie (1851, in Artis), wetenschap en nijverheid (1852, Oude Doelenstraat), veiligheid op de werkplek (1912, Hobbemastraat), scheepvaart (1918, Cornelis Schuytstraat) en koloniƫn (Tropenmuseum, 1926).