Amsterdam had al sinds 1632 een school voor academisch onderwijs, het Athenaeum Illustre, 'Doorluchtige School', gevestigd in de Agnietenkapel aan de Oudezijds Achterburgwal. In 1877 was die school omgevormd tot een volwaardige universiteit, waar men kon afstuderen en promoveren. Die Universiteit van Amsterdam werd tot 1961 bestuurd door het gemeentebestuur en stond lang bekend als de Gemeentelijke Universiteit.
In 1880 werd het Oudemanhuispoortcomplex ingericht tot Academiegebouw, met collegezalen voor uiteenlopende studies. Naarmate de universiteit groeide, werden allerlei andere gebouwen verspreid over de stad in gebruik genomen. De medische faculteit was verbonden aan het Binnengasthuis en het Wilhelmina Gasthuis.
De Vrije Universiteit was een idee van de gereformeerde leider Abraham Kuyper. De VU werd in 1880 geopend door Kuyper met een beroemde rede in de Nieuwe Kerk, waar hij zijn ideeƫn over 'soevereiniteit in eigen kring' uiteenzette. Dat hield in dat bijvoorbeeld scholen, het gezin en de universiteit betrekkelijke autonome eenheden (kringen) waren, zonder een centraal gezag als bijvoorbeeld een Kerk.
Het eerste eigen gebouw van de VU was Keizersgracht 162. In 1910 werd een psychiatrische kliniek gebouwd op het Valeriusplein, de Valeriuskliniek. In 1911 en 1933 volgden daar vlakbij laboratoria aan de De Lairessestraat. In de jaren 1970 verhuisde de universiteit naar Buitenveldert.