Vergeleken met sommige andere Nederlandse en veel andere Europese steden is Amsterdam zonder grote gevechtsschade uit de oorlog gekomen. Er waren enkele bombardementen, met name op fabrieken en woonwijken in Noord, en er zijn enkele vliegtuigen neergestort.
Bomschade was er vooral in Noord. Bij geallieerde bombardementen op de industrie daar, vooral op de Fokkerfabriek aan de Papaverweg, werden abusievelijk ook woonwijken getroffen. In juli 1943 kwamen ruim 220 mensen om het leven en werden zo'n 130 panden verwoest. Wel opzettelijk was het Britse bombardement op scholen die door de Duitsers gebruikt werden aan Euterpestraat en Jan van Eijckstraat. Duitse vliegtuigbommen vielen in mei 1940 op de hoek Herengracht-Blauwburgwal.
Duits luchtafweergeschut raakte in april 1943 een overvliegende Britse bommenwerper, die vervolgens neerstortte achter het Carltonhotel in de Vijzelstraat. Op de plek van vernietigde huizen verrezen na de oorlog kantoren en een parkeergarage. Een andere bommenwerper viel in mei 1943 op woningen in de Van Bossestraat, en in maart 1944 viel een Amerikaanse bommenwerper op de Alfonsusschool in de Westzaanstraat.
Amsterdammers sloopten door houtroof zelf zo'n 3700 woningen: 2854 geheel, 844 gedeeltelijk. Het betrof vooral woningen van weggevoerde joodse bewoners.
In september 1944 bliezen de Duitsers de Amsterdamse havens op, voor zover nog niet verwoest door geallieerde bombardementen. Niet alleen loodsen en kranen gingen de lucht in, maar ook kademuren. Na de oorlog werd het merendeel hersteld.
Een apart verhaal zijn de botenhuizen van roeiclubs aan de Amstel. Het waren er vijf, en ze werden tijdens de oorlog op last van de bezetter allemaal afgebroken (1944), vermoedelijk uit militair-tactische overwegingen. Na de oorlog kregen de clubs andere plekken toegewezen voor nieuwe clubhuizen: Nereus, Amsteldijk; De Amstel, Hobbemakade; Poseidon en Willem III, Jan Vroegopsingel; De Hoop, Weesperzijde.