De landelijke regering besloot in 1827 tot een verbod op het begraven binnen de bebouwde kom, vooral om redenen van hygiƫne. In Amsterdam kwam echter vooralsnog geen einde aan de eeuwenoude praktijk van begraven in kerken. Burgers hadden er familiegraven waar ze zelf ook in wilden worden bijgezet, en voor de kerken was het een mooie bron van inkomsten. Lange tijd voerde Amsterdam als argument aan dat de bodem buiten de stad te drassig was, maar na enkele decennia moest de stad er toch aan geloven. De laatste begrafenis in een kerk vond plaats in december 1865: schippersweduwe Elizabeth Geerding werd toen bijgezet in de Nieuwe Kerk.
Overigens werd lang niet iedereen in een kerk begraven: door ruimtegebrek kostte dat veel geld. Er waren daarom diverse kerkhoven in de oude stad binnen de Singelgracht. Joden werden altijd al buiten de stad begraven, in Zeeburg en Ouderkerk.
De eerste nieuwe algemene begraafplaats buiten de Singelgracht was de Westerbegraafplaats, even buiten de Willemspoort (1860, geruimd in 1956, nu Westzaanstraat). In 1866 volgde de Oosterbegraafplaats, ongeveer op de plek waar nu het Tropeninstituut staat. Die werd al weer snel verplaatst, om ruimte te maken voor het Oosterpark en de aangrenzende Dapperbuurt.
Nog wel bestaand is Zorgvlied (1870), feitelijk de begraafplaats van de gemeente Nieuwer-Amstel. De tuinaanleg was een ontwerp van Jan Zocher, die ook het Vondelpark had getekend.
In 1894 opende de Nieuwe Oosterbegraafplaats, aangelegd door Leonard Springer. De gebouwen werden ontworpen door stadsarchitect Weissman. Springer ontwierp ook de begraafplaats Vredenhof aan de Haarlemmerweg (1897).
Er heeft ook nog een Nieuwe Westerbegraafplaats bestaan. Die werd op dezelfde dag geopend als de Nieuwe Ooster en lag pal ten zuiden van de Petroleumhaven, ver buiten de stad. De onhandige locatie, het daardoor geringe gebruik, en verdere uitbreiding van de haven leidden ertoe dat de Nieuwe Wester al in 1917 werd gesloten.
Sommige geloofsgroepen openden eigen begraafplaatsen. De protestanten hadden Huis te Vraag (1891). De katholieken hadden al in 1836 de begraafplaats Buitenveldert aangelegd, in 1845 gevolgd door begraafplaats De Liefde (nu Bilderdijkpark). Vanwege de oprukkende stad werd De Liefde gesloten en in 1893 vervangen door Sint Barbara, aan de Spaarndammerdijk. Architect Bleys tekende de tuinaanleg en de gebouwen. Toen de joodse begraafplaats Zeeburg in 1914 vol was, werd een nieuwe begraafplaats geopend in Diemen.
Het meest exclusief was een begrafenis op Westerveld, ver buiten de stad in de duinen bij Driehuis. Die begraafplaats werd opgericht door rijke Amsterdammers en opende in 1890.