De verschillende protestantse kerkgenootschappen - hervormd, gereformeerd, doopsgezind, luthers, remonstrants - hebben in 1850-1940 hun sporen achtergelaten in de gebouwde stad. Ze bouwden onder meer tientallen kerken, scholen en wijkgebouwen.
In tegenstelling tot de katholieken met hun neogotische 'huisstijl' is bij de protestanten geen dominante bouwstijl te bespeuren. Men pastte over het algemeen de stijlen van de tijd toe.
Bij de protestantse zuil hoorden ook eigen scholen en wijkgebouwen. Er was zelfs een eigen universiteit: de Vrije Universiteit, opgericht in 1880 door Abraham Kuyper. Ook waren er eigen ziekenhuizen: het gereformeerde Julianaziekenhuis (Bilderdijkkade, gesloopt), en het lutherse Diaconessenziekenhuis (Koninginneweg).
Kuyper had de aanzet gegeven tot de afsplitsing(en) die zou leiden tot het ontstaan van de Gereformeerde Kerk (1892).
Hervormde liefdadigheid kreeg gestalte in onder meer het aloude weduwenhuis Amstelhof, een weeshuis (gesloopt), diverse nieuwe hofjes en het armenwerk van de diaconie.